Het serieuze verhaal

Hallo Allemaal!!!

Ik heb zo het idee had jullie het wel leuk vinden om te weten wat ik hier nu eigenlijk precies voor serieuze dingen doe voor mijn stage. Nu gaat er eerst een technisch verhaal komen voor wat achtergrond informatie, anders denk ik dat jullie misschien al helemaal geen flauw idee hebben van wat ik doe en zodat jullie ook een beetje de waarom vragen weten.

Het onderzoek waar ik me mee bezig houd is mitochondriaal DNA isoleren uit botweefsel. Het botweefsel dat ik gebruik zijn tanden. Mitochondriaal DNA (mtDNA)  is DNA dat zich in de mitochondriën in cellen bevindt en het DNA is cirkelvormig. Iedere mitochondrium bevat meerdere genomen (meerder cirkels) van mtDNA en iedere cel bevat meerdere mitochondriën. Ten opzichte van nucleair DNA (normaal DNA zeg maar) zijn er dus veel meer "kopieën/klonen/dezelfde dingen" van het mtDNA in één cel dan nucleair DNA, want daar zijn maar twee "kopieën" van (één afkomstig van je vader en één afkomstig van je moeder). Doordat er van het nucleaire DNA maar twee kopieën zijn en van het mtDNA honderden kopieën zijn per cel, heeft DNA degradatie (dat het DNA kapot gaat) meer effect op het nucleaire DNA, omdat er gewoon minder van is, dus is de kans groter dat het eerder kapot gaat (in de totaliteit). Ik schat de kans nu wel groot dat jullie nu geen flauw idee hebben wat ik nu gezegd heb, maar ik weet niet goed hoe ik dit kan uitleggen in dummy taal ;p. Snap je het niet, misschien even plaatjes zoeken op internet. Ik kan hier namelijk geen plaatjes plakken in verband met de rechten over die plaatjes en al dat soort dingen, want ik wil geen boete krijgen ;).

In sommige forensische zaken zijn de enige lichaamsresten van een persoon de botten en de haren. Deze twee "bronnen" zijn erg moeilijk om te onderzoeken op nucleair DNA (door de degradatie o.a.), maar beter te onderzoeken op mtDNA. Een groot verschil tussen de analyse van nucleair DNA en mtDNA is dat nucleair DNA veel unieker is dan mtDNA. Dit is doordat mtDNA alleen van de moeder geërfd wordt, dus iedereen in de moederlijke lijn heeft hetzelfde mtDNA. Familiaal onderzoek is hierdoor wel vrij makkelijk.

Dit was de achtergrond informatie voor zover. Ik probeer dus DNA te isoleren uit tanden. De echte isolatie heb ik nu pas één keer gedaan, want de andere keren moest ik alle onderzoeken testen, zodat ik er wat meer bekend mee werd en het goed zou kunnen. Helaas heb ik maar heel weinig en geen DNA kunnen isoleren uit de tand, dus dat is wel heel jammer. Volgende week ga ik wat dingen in het protocol veranderen in de hoop dat het dan wel echt gaat lukken.

Dit is het DNA extractie lab waar ik eigenlijk altijd werk

Al het werk moet gedaan worden in een 'hood'. Een doorzichtige kast waar je alleen je armen in mag steken (te zien op de foto hierboven). Alle materialen die ik gebruik moeten van te voren met UV-licht behandeld worden (om al het mogelijke DNA erop kapot te maken).

De monsters die ik nu gebruik zijn geen hele tanden. De tanden zijn al fijngemalen tot poeder dat ik direct kan gebruiken. Wanneer al het tandpoeder op is, moet ik zelf de tanden kapotmaken en fijnmalen. Dit wordt gedaan in een speciale hood, een grotere, met gewoon gereedschap en ook met één of ander maalmachine.

De bot-martel hood

Het bepalen van de hoeveelheid mtDNA wordt gedaan door middel van een zogenaamde 'kwantitatieve PCR' (qPCR). Hierbij moet je een standaardreeks maken van standaarden waarvan je weet hoeveel DNA iedere standaard bevat. Aan de hand van deze standaardreeks en een grafiek die daar dan uitkomt, berekent de software de hoeveelheden DNA in je monsters. Hoe dat precies allemaal werkt dat leg ik maar niet uit :P, snappen jullie het tot zover nog wel? De qPCR methode voor mtDNA is erg moeilijk, omdat de kans op contaminatie (besmetting van de monsters met DNA dat je er niet in wil hebben) en veel professionele labs gebruiken daarom geen mtDNA om mee te werken. De eerste keer dat ik deze methode ging testen waren mijn standaarden bijna binnen de acceptatie range en de tweede keer was het helemaal perfect. Iedereen was erg trots op me dat ik het zo snel al onder de knie had, dus dat was erg leuk!

Dit is het qPCR apparaat met de computer met de software ernaast

Voor mijn stage moest ik bij Avans een projectplan inleveren. Dat is zoals de naam al zegt, een plan van het gehele project. Dit bevat onder andere theoretische achtergrond, doel, opzet en protocollen. Doordat ik nu in Amerika zit, moest ik dit natuurlijk in het Engels maken. Een week voor fall break was ik eindelijk klaar met mijn projectplan, na een hele lange tijd en enorm veel uren en nachtwerk er aan besteed te hebben. Toen heb ik het eerst naar Erin (mijn supervisor hier bij WCU) gestuurd. Een dag voor fall break hebben we het projectplan samen besproken en ze vond mijn projectplan super goed!!!!! :D Ze had wel wat opmerkingen over sommige dingen die ik beter wat anders kon formuleren, maar ze zei dat dat allemaal maar kleinigheidjes waren en dat ze echt heel erg tevreden was. Het Engels was ook gewoon goed zei ze, dus daar was ik natuurlijk ook echt super blij mee, want daar ben ik wel een beetje onzeker over ook. Ze zei ook nog dat ze mijn projectplan zo goed vond dat het meer op een projectplan van een "graduate student" leek of misschien zelfs wel beter was!!!! :D :D :D. Ik ben echt zo blij daarmee. Doordat ik het pas terug kreeg één dag voor fall break, had ik niet meer genoeg tijd om het te verbeteren voor fall break, dus toen ik vorige week terug kwam heb ik in het weekend hard gewerkt om het af te maken. Maandag heb ik mijn projectplan naar Walter gestuurd (mijn supervisor van Avans). Ik heb nog niets van hem gehoord, maar ik hoop dat hij net zo tevreden is als Erin!!!

Naast mijn stage volg ik ook nog één vak hier, genaamd Forensic Biology. Hiervan heb ik twee theorie lessen en één praktijkles (in het lab) per week. Veel dingen die in deze klas behandeld worden heb ik al geleerd op Avans, dus heel moeilijk is het gelukkig niet, en zo is het ook een goede manier om het Engels wat beter onder de knie te krijgen. Voor deze klas heb ik ook erg veel huiswerk altijd, dat is wel minder :(, want ik krijg apart huiswerk voor de theorie en voor de praktijk, en er zijn ook nog meerdere docenten en iedere docent kan huiswerk opgeven. Twee weken geleden heb ik mijn eerste examen gehad en ik had 88% goed, dus niet slecht gedaan vind ik zelf. Volgende week heb ik weer een examen. Ook hebben ze hier veel quizzen, kleine toetsjes die zo om de twee weken gegeven worden. Daar heb ik bijna altijd 100% van goed :).

Ik ben tot nu toe altijd echt heel druk geweest en heb niet veel vrije tijd gehad (ook al lijkt dat misschien wel door mijn eerdere verhalen). Hierdoor wilde ik ook in het weekend juist leuke dingen gaan doen, wat ook gelukt is :). Doordat ik het zo druk had, verveelde ik me ook echt nooit en ik denk daardoor dat ik ook geen last heb van heimwee. Nu dat ik mijn projectplan heb ingeleverd, verwacht ik dat ik wel meer tijd vrij zal hebben en dat het nu echt meer op een stage gaat lijken (overdag, doordeweeks werken en 's avonds en in het weekend vrij). Mocht dit zo zijn, dan kan ik me hopelijk vast wel vermaken met Amerikaanse series kijken en naar de gym gaan. Donderdag heb ik de groepsles cylce + abs voor de eerste keer gevold. Dat was een soort van spinning voor 45 minuten en dan nog 15 minuten buikspieroefeningen. Het was echt een best zware workout, maar wel heel goed. Ik voel het nu nog steeds in mijn bovenbenen, haha.

Hopelijk is het nu een beetje duidelijk voor jullie wat ik precies doe hier wat betreft mijn stage.

Groetjes...
xx